سرکوب دانشگاه نیز، در ایران، چون هر سرکوب دیگری، سطوح، لایه‌ها، و «طرز کارهای» گوناگون دارد، و هرچند در گذر زمان پیچیده‌تر و فراگیرتر شده، قدمت آن هم‌پای تأسیس تاریخی آن است، و نظام فعلی نیز که کار رسمی خود را در دهه‌ی ۶۰ و به‌اراده‌ی رهبر نخستین خود، طی «انقلاب فرهنگی»، با تعطیلی بلندمدت دانشگاه‌ها برای اسلامی‌سازیِ محتوای آموزشی و پاک‌سازی نیروی انسانی‌شان آغاز کرد، و در دوران رهبری بعدی هم، کماکان خونین‌‌ترین کارنامه‌ی خود را در انتهای هر دهه از عمر خویش عرضه داشته‌ست؛ در دهه‌ی ۷۰ با فاجعه‌ی سرکوب خونین کوی دانشگاه در ۱۸ تیر ۷۸، بعد از آن نیز ظهور گسترده‌ی پدیده‌ی «دانشجویان ستاره‌دار» که به‌خاطر سیاست از تحصیل محروم می‌شدند، و با درهم‌کوبیدن اعضای «شورای دفاع از حق تحصیل» با حکم‌های زندان بلندمدت برای اعضای کلیدی و سازمان‌دهنده‌اش، که برخی‌شان تا همین امروز هدفِ همیشه‌ی سرکوب و زندان بوده‌اند، و در اعتراض به این پدیده گرد آمده بودند، و سرکوب پی‌درپی اعضای دیگر تشکل‌های دانشگاهی درد تمامی این بازه‌ی تاریخی، اغلب با حکم‌های سنگین، همراه با سرکوب دیگرباره و خونین دانشجویان در اوج «جنبش سبز»، و سرانجام سرکوب خونین دانشگاه شریف و دیگر دانشگاه‌های ایران در «قیام ژینا» که خبرگزاری حقوق‌بشری هرانا، در یکی از آخرین آمارهای خود در همین باره صحبت از ۱۴۴ دانشگاه معترض، ۱۲۸۰ تجمع اعتراضی دانشگاهی و شهری، و افزون بر ۷۲۰ دانشجوی بازداشتی می‌کند (آماری که چون همیشه و در مواردی ازاین‌دست نمی‌توان کامل به شمارش آورد). ولی، سرکوب سخت‌افزاری، همان درهم‌کوبیدن بدن‌های دانشجویان و به اسیری بردن‌شان، تنها یکی از جلوه‌های این سرکوب نهادینه‌شده، فراگیر، فزاینده، و کور و بی‌مهارست، که تنها در متن مصاف‌های بین جامعه و نهادهای قدرت به رؤیت درمی‌آید؛ سوای آن، سرکوبی نرم‌افزاری، ولی بی‌وقفه، پشت نقاب تصمیم‌های بوروکراتیک، در جریان است که چون کودتایی خزنده، در تمامی این سال‌ها، با امواج حذف و تعلیق و اخراج و بازنشستگی تحمیلی و قطع حقوق و محدودیت‌آفرینی‌های رنگارنگ، در کار تزریق سرکوب به مغز استخوان نهاد دانشگاه بوده‌ست، و گزارشی که در پی می‌آید، صرفاً فصل‌های تازه‌تر این روند سرکوب‌آمیز در دانشگاه‌های ایران را تورّقی می‌کند، ولی بی‌شک دامنه‌ی این نبرد بی‌امان حکومت دین‌سالار با اعتراض در دانشگاه‌ها، ابعادی سخت وسیع‌تر از حوصله‌ی این گزارش دارد.
در مهرماه ۱۴۰۱، دانشجویان پس از دوسال دوری از فضای دانشگاه به دلیل غیرحضوری‌شدن کلاس‌ها، در زمان همه‌گیری کرونا، دوب اره به فضای دانشگاه بازگشتند. جنبش‌های دانشجویی که مدت‌ها بود سرکوب و خاموش شده بود، با آغاز سال تحصیلی جدید و هم‌زمانی با اعتراضات خیابانی به قتل ژینا (مهسا) امینی، جان تازه‌ای یافت. دانشجویان دانشگاه‌های مختلف در سراسر کشور، در محیط‌های آموزشی خود، کنار هم، با برداشتن حجاب اجباری، برداشتن موانع تفکیک جنسیتی در سالن غذاخوری، خواندن سرودهای انقلابی دسته‌جمعی و اجرای پرفورمنس‌های خلاقانه‌ی اعتراضی، دست به اعتراض مسالمت‌آمیز، تحصن و اعتصاب در حمایت از خیزش سرتاسری «زن.زندگی.آزادی» زدند و ازهمان ابتدا، بسیاری اساتید دانشگاهی در حمایت از دانشجویان خود، از حضور در محیط آموزشی و تشکیل کلاس درس خودداری کردند. برخی اعضای هیئت علمی دانشگاه‌ها هم مانند دانشگاه کردستان، با پیوستن به دانشجویان معترض خود، آن‌ها را همراهی کردند و با واکنش شدید حراست و مدیران دانشگاه مواجه شدند. دانشجویان به‌جای حضور بر سر کلاس‌های درس خود، دست به تجمع اعتراضی و سردادن شعارهایی علیه حکومت استبدادی زدند و به مطالبه‌گری برای آزادی پرداختند. این جنبش‌های دانشجویی به‌سرعت در همه‌ی دانشگاه‌های کشور فراگیر شد و روزاروز، تا ماه‌ها، تداوم یافت.
بسیج دانشجویی به عنوان نهاد مستقر برای سرکوب دانشگاه‌ها، با همراهی لباس شخصی و حمایت نیروهای حراست، از همان ابتدا، به‌میان تجمعات دانشجویی وارد شدند و سعی کردند این تجمعات را به خشونت بکشانند تا بتوانند به ضرب‌وشتم و بازداشت دانشجویان بپردازند.اما این جنبش‌های دانشجویی علی‌رغم سرکوب‌های شدید، ماه‌ها ادامه یافت و تکمیل‌کننده‌ی اعتراضات خیابانی شهرهای ایران شد و به شعله‌ورشدن آتش انقلاب کمک فراوانی کرد. برخی ازدانشگاه‌ها در این جنبش اعتراضی حضور فعال‌تری داشتند، بنابراین بیش‌ترین میزان اخراج، تعلیق و بازنشستگی اجباری استادان و ستاره‌دارشدن دانشجویان، متعلق به آن‌ها بوده‌ست. در برخی شهرهای ایران، نیروهای لباس شخصی با کمک حراست دانشگاه‌ها اقدام به شناسایی برخی از دانشجویان معترضِ بیش‌تر فعال و لیدرهای این جنبش‌های دانشجویی کردند و با حمله‌ی شبانه به چند خوابگاه دانشجویی در شهرهای مختلف و ربودن چند دانشجوی معترض و ضرب‌وشتم تعدادی دیگر، با ایجاد ترس و وحشت، سعی در پایان‌دادن به این تجمعات دانشگاهی کردند. سرکوب خشونت‌آمیز دانشجویان و حمله‌ی شبانه به خوابگاه‌های دانشجویی منجر به اعتراض فراوان و موضع‌گیری رسمی بسیاری از اساتید دانشگاه‌های ایران شد و برخی از استادانی هم که تا آن روز همراه و در راستای برخی از سیاست‌های آموزشی جمهوری اسلامی حرکت می‌کردند، با انتقاد تند از حضور مأموران امنیتی و سرکوب دانشجویان درمحیط‌های آموزشی، خواستار آزادی دانشجویان و استادان بازداشتی شدند. پس از یک ماه از برگزاری اعتراضات دانشجویی، بازداشت‌های دانشجویی افزایش یافت، اعضای هیئت مدیره‌ی شورای صنفی دانشجویان نیز یکی‌یکی بازداشت شدند و از تجمع‌های دانشجویی در دانشگاه‌ها جلوگیری به عمل آمد؛ اعتراضات ۱۶ آذر که به مناسبت روز دانشجو برگزار شد، به شدت سرکوب شد و در اقدامی بی‌سابقه، از آن پس نیروهای لباس شخصی امنیتی درفضاهای دانشجویی با حمایت رؤسای دانشگاه‌ها مستقر شدند و در کنار نیروهای حراست، مدیریت حفظ امنیت و نظم در فضای دانشگاه را به عهده گرفتند. دیگربه هیچ‌کدام از گروه‌های دانشجویان امکان تجمع حتی ۵ نفره در محوطه‌ی باز دانشگاه هم داده نشد.
کلاس‌های دانشگاه به طوررسمی آغاز به کار کرد اما همچنان تعدادی از دانشجویان با انتشار بیانیه‌هایی ضمن بیان مطالبه‌های شهروندی خود، تأکید کردند تا زمان آزادی دوستان و هم‌کلاسی‌های خود از زندان، در کلاس‌های درس حاضر نخواهند شد و تا پایان نیم‌سال اول تحصیلی نیز برخی از دانشجویان همچنان به تحریم کلاس‌های درسی ادامه دادند. مدیریت دانشگاه، استادانی را که به‌منظور همراهی دانشجویان معترض تا آن روز کلاس‌های درس خود را تشکیل نداده بودند، مجبور به برگزاری کلاس و تدریس حتا برای تعداد اندک دانشجو و حضوروغیاب‌های اجباری کرد تا اساتید موظف باشند اسامی دانشجویان غایب در کلاس‌های درس را به بخش آموزش و مدیران گروه دانشکده‌ها بدهند. اغلب استادان تا جای ممکن از این کار سر باز زدند یا برای دانشجوی معترض غایب، اعلام حضور ثبت کردند و در پایان ترم از آن‌ها امتحان گرفتند و نمره‌ی قبولی برای‌شان لحاظ کردند. درواقع، برخی استادان با تعامل با دانشجویان معترض و نافرمانی از دستورات سیستم آموزشی و حراستی دانشگاه‌ها، همراهی خود را در این خیزش سرتاسری اعلام کردند. در این شرایط، وزارت علوم و شورای عالی انقلاب فرهنگی با تدوین آیین‌نامه‌های سخت‌گیرانه‌ی انضباطی و ابلاغ آن به تمام دانشگاه‌های ایران، به رؤسای دانشگاه اختیار عملِ بیش‌تری برای توبیخ و اخراج استادان و دانشجویان خاطی داده شد و درنتیجه، با پایان نیم‌سال تحصیلی اول، موج جدیدی از این اخراج و تعلیق‌ها آغاز شد.
بنابراین، نیروهای حراست با شناسایی دانشجویان معترض و اعتصاب‌کنندگان، ورود برخی دانشجویان معترض را به دانشگاه تا تشکیل کمیته‌ی انضباطی ممنوع کردند. سپس برای آن‌ها پرونده‌ای انضباطی تشکیل داده، با فراخواندن تک‌تک آن‌ها در جلسه‌های یک‌ساعته‌ی کمیته‌های انضباطی، مجازات‌هایی برای آن‌ها در نظر گرفته، به آن‌ها اعلام کردند. به‌گفته‌ی یک دانشجوی دانشگاه هنر، این کمیته‌های انضباطی اصولاً در فضایی خارج از محیط دانشگاه و در ساختمان‌هایی ناشناس توسط نیروهای امنیتی حراست وزارت علوم برگزار می‌شود و بیش‌تر شبیه دادگاه‌های دانشجویی را دارد تا کمیته‌های انضباطی. این دانشجو می‌گوید: «پس از بازجویی، فرم سؤالات مکتوبی به ما داده شد تا پاسخ دهیم». به‌گفته‌ی او، آن‌ها با تهدید به اخراج ، برخی دانشجویان را مجبور به امضای تعهدنامه‌های مکتوب درباره‌ی عدم‌مشارکت در اعتراضات دانشجویی آینده کرده‌اند. دانشجویان دانشگاه هنر که در طول جنبش اعتراضی خود همواره با روش‌های خلاقانه مثل اجرای پرفورمنس، ساخت موسیقی و سرودهای انقلابی، کشیدن نقاشی و گرافیتی، حضوری مشهودی داشتند، ازجمله دانشگاهی‌هایی بودند که با یکی ازبیش‌ترین میزان تعلیق و اخراجها مواجه شده‌ست.
محمدرضا حسنایی، رئیس این دانشگاه، با تغییر مدیران دانشکده‌ها و گروه‌های آموزشی، اقدام به پاک‌سازی اعضای هیئت علمی قبلی دانشگاه کرد؛ به گزارش کانال «رسانه‌ی مستقل دانشگاه هنر»، حراست دانشگاه در نامه‌ای که به گروه‌های آموزشی دانشکده‌های این دانشگاه ارسال کرده، از آن‌ها خواسته که ۳۰ تا ۴۰ استاد حق‌التدریسی خود را برای ترم جدید منع تدریس کنند و این اساتید به صورت شفاهی، از طریق تماس تلفنی متوجه وجود چنین حکم غیررسمی‌ای شده‌اند. هم‌چنین، شش استاد هیئت علمی این دانشگاه با نامه‌ی کتبی از طرف رئیس این دانشگاه با احکام تعلیق و تنزل رتبه مواجه شده‌اند. امیر مازیار، استاد فلسفه‌ی هنر، ازجمله استادان دانشگاه هنرست که حکم تعلیق خود از تدریس در این دانشگاه را در صفحه‌ی اینستاگرام‌اش به‌اشتراک گذاشت. ازجمله استادان اخراجی دیگر این دانشگاه، می‌توان به دکتر خدادادی مترجم‌زاده، رئیس دانشکده‌ی هنرهای تجسمی، کورش گلناری، مدیر گروه مجسمه‌سازی، و دکتر بهشید حسینی، از ریاست دانشگاه معماری و شهرسازی، اشاره کرد که در ماه‌های گذشته از سمت خود برکنار شده‌اند. رئیس حراست دانشگاه هنر هم‌چنین دستور برخورد با دانشجویان را به مدیر گروه‌های جدید ابلاغ کرد؛ درنهایت، پس از گرفتن کارت دانشجویی و نوشتن نام صدها دانشجو توسط حراست جهت ممانعت از ورود به دانشگاه و معرفی به کمیته‌ی انضباطی، در آغاز ترم جدید، پس از عفو جمعی از دانشجویان و تخفیف در احکام انضباطی، ۱۲ نفر از دانشجویان این دانشگاه، به منع موقت از تحصیل به مدت دو نیم‌سال تحصیلی با احتساب سنوات و پنج نفر دیگر هم به منع موقت تحصیلی به مدت یک نیم‌سال با احتساب سنوات محکوم شدند.
طرح اخراج و تعلیق اساتید و ستاره‌دارکردن دانشجویان که در دهه ۸۰ و در دولت احمدی نژاد رواج پیدا کرد و در این سال‌ها همچنان در هر دولتی، به‌شکل نوسانی، ادامه داشته، و با روی‌کارآمدن دولت سیزدهم، قبل از درگرفتن «قیام ژینا»، پیشاپیش کلید خورده بود؛ دکتر سعید مدنی، استاد و پژوهش‌گر برجسته‌ی جامعه‌شناسی، اردیبهشت‌ماه ۱۴۰۱، هنگام خروج از ایران برای گذران یک دوره‌ی یک‌ساله‌ی تکمیلی و تحقیقاتی در آمریکا، در فرودگاه، متوجه ممنوع‌الخروجی خود و سپس بازداشت شد؛ در ادامه هم، مرخصی او از دانشگاه تبدیل به حکم اخراج شد، پس از ماه‌ها که در زندان به‌سر می‌برد، بهمن‌ماه سال جاری، ۱۴۰۱، به ۹ سال حبس محکوم شد. هم‌چنین دکتر بیژن عبدالکریمی، استاد فلسفه، شهریورماه، پیش از خیزش سرتاسری، از دانشگاه آزاد اخراج شد.
پس از خیزش انقلابی نیز، این روند اخراج و بازنشتگی‌های اجباری افزایش یافت. بر همین مبنا، ۹ استاد از اعضای هیئت علمی دانشکده‌ی علوم‌سیاسی دانشگاه آزاد اسلامی، واحد تهران مرکز، با انتشار بیانیه‌ای خطاب به رئیس این دانشگاه، محمدمهدی تهرانچی، از بازنشستگی ناگهانی خود در آغاز نیم‌سال تحصیلی ۱۴۰۱ خبر دادند. به گزارش «رویداد ۲۴»، آن‌ها در این بیانیه گفته‌اند: «بدون هیچ مقدمه‌ی قبلی، به ما اعلام شد، به امور اداری مراجعه و تشریفات بازنشستگی خود را انجام دهیم. درس‌های ترم آتی ما که حتی در سامانه اعلام شده بود، حذف و برخورد چنان بود که گویی ما هیچ‌گاه وجود نداشته‌ایم و هر گاه سیستم اراده کند، بی‌درنگ قادر به حذف ما از صحنه‌ست». آن‌ها با اشاره به وجود بی‌عدالتی‌ها در آیین‌نامه‌های استخدامی اساتید در این دانشگاه، آن را زمینه‌ی اعمال سیاست‌های یک بام و دو هوای این دانشگاه دانستند. دکتر سوسن صفاوردی، دکترعلی‌اکبر امینی، دکتر ساجدی، دکترعلیرضا رادمهر، دکتر حسین تفضلی، دکتر د‌ی‌دخت صادقی، دکتر محمدعلی خسروی، دکتر ملک تاج خسروی، دکتر بیژن نیری، ۹ استاد دانشگاه آزاد تهران مرکز هستند که حکم بازنشستگی آن‌ها زودهنگام صادر شده‌ست.
علاوه بر این، سوده حامدتوسلی هم استاد اخراجی عضو هیئت علمى دانشکده‌ی حقوق دانشگاه آزاد اسلامى، واحد کرج، است .او هم اواخر آبان‌ماه در یادداشتی برای روزنامه‌ی «شرق»، از اخراج خودش خبر داد و نوشت: «اخراج استادان دانشگاه‌ها در ایران امر جدیدى نیست و در چند دهه‌ی اخیر، بار‌ها دیده و شنیده شده‌ست. یکى از موارد جنجالى اخراج استادان در سنوات اخیر، مورد دکتر بیژن عبدالکریمى، استاد فلسفه دانشگاه آزاد اسلامى بود که با پی‌گیری افکار عمومى و بسیج رسانه‌ها، مشکل این استاد محترم تاحدى مرتفع شد. داستان اخراج استادان، این مرتبه دامن‌گیر بنده شده‌ست. پس از ۱۷ سال سابقه‌ی تدریس در دانشکده‌هاى مختلف حقوق در کشور با پدیده‌ی اخراج مواجه شده‌ام.» طبق این نامه، اخراج این استاد درحالی صورت گرفته که نه خبری از بازنشستگی در میان است، نه بحث بازخرید و احتساب سنوات و با حذف کد استادی او از سامانه‌های دانشگاهی، بدون اطلاع قبلی، چالش جدی‌ای هم برای دانشجویان ایجاد شده و امور درسی دانشجویان به تعویق افتاده و رساله‌ی دکترا، پایان‌نامه‌هاى ارشدِ برخی دانشجویان، که تحت نظارت او در دست تدوین بود هم مختل شده‌ست.
هفتم آذرماه، تعدادی از دانشجویان دانشگاه شهید بهشتی هم به تعلیق چهار استاد خود؛ محمد راغب، نگار ذیلابی، نیلوفر رضوی و اسلام ناظمی اعتراض و اعلام کردند که در صورت ادامه‌ی این وضعیت، آماده‌ی تحریم کلاس‌ها و امتحانات پایان‌ترم هستند. البته بعدتر، منابعی اعلام کردند که این تعلیقِ فعالیت فقط شامل محمد راغب و نگار ذیلابی شده و مشکل دو استاد دیگر برطرف شده‌ست. همان زمان هم ۲۰ تن از اساتید همین دانشگاه، در حمایت از اساتید تعلیقی، دانشجویان معترض را همراهی کردند. راغب، استادیار زبان و ادبیات فارسی دانشگاه شهید بهشتی، در توضیح آن چه منجر به اخراج او شد، در صفحه‌ی اینستاگرام خود نوشت: «در اعتراض به وضعیت خیابان و دانشگاه، در کلاس حضور نیافتم و در تجمع دانشجویی به‌همراه دیگر هم‌کاران‌ام شرکت کردم. بی‌هیچ اعلام رسمی برکنار شدم و دسترسی من به کارتابل و ایمیل دانشگاهی و سامانه‌ی گلستان مسدود شد. حقوق ماهانه‌ام قطع شد و ظاهراً حقوق مهرماه ۱۴۰۱ را هم باید برگردانم.»
درعین‌حال، دانشگاه تهران هم از این روند پاک‌سازی‌ها مصون نماند. حسین مصباحیان، استاد فلسفه‌ی دانشگاه تهران، برای اولین‌بار خبر اخراج خود از دانشکده‌ی فلسفه‌ی این دانشگاه را در اینستاگرام خود اعلام کرد و نوشت: «پس از ۱۶ سال حضور در گروه فلسفه‌ی دانشکده‌ی ادبیات و تدریس در گروه‌های فلسفه، تاریخ و ایران‌شناسیِ این دانشکده و پی‌گیری مصرانه‌ی ریاست فعلی دانشکده‌ی ادبیات در از کار انداختن هر سه پرونده‌ی تمدید، تبدیل و تغییر وضعیت من، باعث شده فاقد قرارداد استخدامی و درعمل اخراج شده باشم». اخراج دکتر رضا امیدی، استاد گروه توسعه و سیاست‌گذاری اجتماعی دانشگاه تهران، نیز موجب واکنش انجمن جامعه‌شناسان ایران شد و آن‌ها بیانیه‌ای را در حمایت از این استاد جامعه‌شناسی منتشر کردند. مرتضی مردیها، استاد جامعه‌شناسی دانشگاه علامه‌طباطبایی نیز یکی دیگر از این استادان ممنوع‌الکارِ در «قیام ژینا» در سال ۱۴۰۱ است.
ولی سونامی تصفیه‌های دانشگاهی به همین‌جا ختم نمی‌شود و محسن برهانی هم ازجمله استادان دانشکده‌ی حقوق دانشگاه تهران بود که ۲۲ دی‌ماه سال جاری، خبر اخراج‌اش از این دانشگاه رسانه‌ای شد . برهانی که در گذشته خود از مستشاران دیوان عالی دادگستری بود، انتقاداتی را درباره‌ی زدن اتهامات «محاربه» و «افساد فی‌الارض» به معترضان و اعدامی‌های اخیر، از سیستم قضایی کشور کرده بود و با اشاره به وجود شُبهه، نواقص، و ایرادات پرونده‌ی این افراد، متذکر شده بود که روند دادرسی به پرونده‌ی این جوانان و اعدام‌شان، عادلانه نبوده‌ست. جز این، به گزارش «هم‌میهن»، دربرخی موارد نیز در حکم برخی اساتید، عبارت «رسمی آزمایشی» درج می‌شود. استادان منتقد در مواجهه با این مطلب قرار می‌گیرند که یا باید «بازخرید» شوند، یا درخواست «بازنشستگی» خودخواسته دهند، یا به‌ناگزیر زیربار «اخراج» بروند؛ برخورد با اساتید منتقد در دانشگاه‌های کشور فقط منحصر به اخراج و منع آن‌ها از تدریس نیز محدود نمی‌شود. یک استاد دانشگاه، بدون ذکر نام‌اش، به «دیده‌بان ایران» در همین باره چنین توضیح داده: «گاهی یک استاد برجسته که عقایدی مخالف رئیس دانشگاه یا بخشی از حاکمیت دارد، برای چندین سال در حد «استادیار» باقی می‌ماند و بنابر دلایل نامعلوم روند «استاد تمام» شدن او به تعویق می‌افتد».
مسئولان دانشگاه، همواره دلایل این اخراجها، تعلیق‌ها، یا بازنشستگی‌های اجباری را ضعف علمی یا نارضایتی دانشجویان از تدریس استادان اخراجی یا نبود کلاس درس در زمینه‌ی تخصصیِ اساتید تعلیقی در آن ترم اعلام کرده‌اند و ربط این اتفاقات به دیدگاه‌ها یا فعالیت‌های سیاسی آن‌ها را رد می‌کنند. اما با نگاهی به فهرست استادان اخراجی و دیدن نام فعالان و صاحب‌نظران احزاب مختلف سیاسی مانند صادق زیبا کلام، سید محمود علیزاده طباطبایی، محمد علی بهمنی، محمد قاری سید فاطمی، حوریه دهقان‌شاد و سیدمحمد دادگران، می‌توان به تأثیر روشن ملاحظات و مسائل سیاسی در این روندِ حذفی، پی برد.
